Клуб заснований навесні 2011 року. Ідейними натхненниками створення СК "Полтава" стали Володимир Сисенко та Станіслав Майзус.

Команда виступала в Чемпіонаті та Кубку Полтавської області з квітня 2011 до 2014 року. З 2014 по 2019 рік команда тимчасово припинила виступати в обласних змаганнях. 2019 року клуб знайшов інвестора та відродився після паузи. Президентом клубу став Сергій Іващенко.

Перше велике досягнення полтавців припало на 2014 рік. Тоді колектив Володимира Сисенка здобув золото чемпіонату Полтавської області і переміг у Суперкубку. Після чого призупинив свої виступи у будь-яких турнірах.

У сезоні 2019/2020 СК "Полтава" відновлює виступи на змаганнях обласного рівня і бере участь у національних змаганнях — Кубку України серед аматорських команд 2019/20. У першому розіграші "містяни" дійшли до 1/4 фіналу, де у двох матчах поступилися "Таврії" з Новотроїцького (2:0, 1:0).

За підсумками сезону 2020 року в чемпіонаті області полтавці здобули срібні нагороди першості, програвши чемпіонство своєму затятому конкуренту "Олімпії" з Савинців. Дійшли містяни й до фіналу Кубка Полтавщини, але здобути трофей теж не судилося.

У сезоні 2020/21 років СК "Полтава" заявився на чемпіонат України серед аматорів. Колектив виступав у групі 3. Свій стартовий сезон у змаганнях клуб завершив на 5 сходинці.

2021 року СК "Полтава" проходив атестацію на здобуття професіонального статусу. 24 червня на ХХІХ Конференції ПФЛ "Полтава" отримала відповідний атестат. Дебютний сезон колектив проведе у другій лізі групі "Б".